珊瑚礁生意盎然，是海洋中最繽紛的地方；因為靠近海岸，易受陸源物質和人類活動影響，是國家極力保育的區域。國研院海洋中心研究團隊2014年起開始在小琉球海域定期進行水質監測、珊瑚礁體檢、生物地理、魚類調查、微生物族群、環境史重建等研究，藉以瞭解環境因子對小琉球珊瑚礁的影響。

　　珊瑚礁是海洋中生物多樣性最高、生物量最豐富的地方，堪稱海洋的熱帶雨林。珊瑚礁多靠近海岸，水質環境易受河川輸出物和人類活動影響。近年由於工業活動衍生的全球暖化、海洋酸化、海洋污染問題，已危及全球各處珊瑚礁的生態。

　　 珊瑚覆蓋率是珊瑚礁健康程度的重要指標。珊瑚體在海床的覆蓋程度愈高，表示珊瑚礁的環境狀態愈佳。對於棲地受損的珊瑚礁，有科學家嘗試用分株種苗移植的方式復育珊瑚：先採集珊瑚分株回實驗室、固定於附著板，使珊瑚蟲在與野外環境相仿的水槽生長一段時間，再將分株帶回原海域的海床固定，完成移植程序。種苗移植的概念雖然簡單，其效果尚需考慮移植海域的環境因子，例如水質及海床環境的穩定。

　　 為了研究環境因子對珊瑚礁的影響，海洋中心陳正平博士帶領生地化研究團隊，包括劉名允、王豐寓、雷漢杰、王博賢等四名博士研究人員和曾瓊蓉、劉全盛二名工程師，自2014年起定期在小琉球周邊進行水質監測、珊瑚礁體檢、生物地理、魚類調查、微生物群落變化、環境史重建等調查工作（圖一）。初步結果發現，夏季每逢豪大雨，來自高屏溪的淡水挾帶泥砂等陸源碎屑有部分會被送往小琉球沿岸，導致海水變濁，尤以面向高屏溪口的白沙、美人洞一帶最明顯。濁水降低能見度最久可維持兩週，可能妨礙珊瑚共生藻行光合作用而影響珊瑚生理； 原本珊瑚用來排除覆蓋其表面碎屑而分泌的黏膜，則因海水混合著高營養鹽的高屏溪水，使藻類迅速生長、佈滿在珊瑚黏膜和碎屑上，終導致珊瑚死亡。研究也發現，颱風來臨前和過境時引發的湧浪是造成小琉球珊瑚礁保存不佳的另一原因。由於珊瑚固著的海床不夠穩定，湧浪一旦打翻珊瑚體使其無法攝食、體內共生藻也無法行光合作用，珊瑚就會死亡。較強的湧浪甚至能將珊瑚推送至岸上，因此在幾處灘岸可見堆疊的珊瑚石（圖二），多數發育不到10年。因此，若欲藉種苗移植方式提高小琉球的珊瑚覆蓋率，也必須提供穩定、不受湧浪侵襲的固著環境，並選擇濁水影響相對輕微的島東面海域。