針對自由時報報導「養不起船長才外包 資深船長：國研院騙外行」一文，科技部國研院澄清如下：

國研院羅清華院長昨（10/12）日對媒體說明時，主要是強調「海洋研究船為研究探測之必備工具，其航海實務操作與一般船舶並無大異，但並不屬於海洋中心成立之研究目標。故如於海洋中心之編制內設置船務操作編組，除不符合中心成立之目的外，亦無法以具競爭力之待遇吸引船務操作專才。基於專業分工之原則，唯以委外方式辦理船務操作，方能與船務操作市場之專業人力結合交流，並以彈性之待遇延聘適當之專才。」（請見科技部國研院10/11新聞稿）

國研院強調，基於專業分工、專業管理之原則，前於國科會時代，即評估以委外方式操作係經營海研五號最有利的模式，故於民國101年1月起即依此模式運作。有關船長待遇一事，僅係羅院長再次強調，對於船務操作專才，應透過委外方式，方能與市場之專業人力結合交流，並以彈性之待遇延聘適當之專才，亦可避免與國際行情有差距；在尋覓人才時，透過委外方式可以提供較有彈性的方式，聘雇適合之專才。

研究船船務專業委外乃是國際慣用作法，與本次事件不必然有直接關係。此次海研五號發生意外，外界不應過度連結，肇事原因仍待檢調單位及交通部航港局釐清。