莫拉克颱風前，蘭嶼有很高的珊瑚覆蓋率，到處可見葉片狀和分枝狀珊瑚。

國家實驗研究院台灣海洋科技研究中心(以下簡稱海洋中心)與台東縣政府共同發表「莫拉克颱風對蘭嶼珊瑚礁生態之破壞研究及後續追蹤」，說明蘭嶼椰油村附近珊瑚礁覆蓋率大幅衰退的現況，希望藉此喚起各界對蘭嶼珊瑚礁的關注，透過社會各界的支持和參與，共同努力恢復珊瑚礁的生態功能。

蘭嶼地處黑潮流經路徑上，黑潮帶來豐富的生物資源，造就蘭嶼獨特的熱帶珊瑚礁生態系。然而，由於蘭嶼經常受颱風所侵襲，不僅海況變化劇烈，且無屏障可降低颱風巨浪的衝擊，使颱風夾帶的破壞能量高達台灣海峽的2倍以上。

2009年8月莫拉克颱風肆虐後，蘭嶼珊瑚礁受到嚴重破壞，取而代之的是藻類繁生。

2009年8月，重挫台灣的莫拉克颱風也嚴重破壞了蘭嶼珊瑚礁的生態系，強勁的風浪刮除了珊瑚礁生物，更摧毀巨大的珊瑚礁岩。國研院海洋中心比對莫拉克颱風前後之調查資料顯示，在風災前(2009年7月) 珊瑚礁覆蓋率高達55%，反映風災前的蘭嶼擁有健康的珊瑚礁生態與資源；反之，在風災後(2009年9月)，珊瑚礁覆蓋率卻僅剩14%，截至2010年3月已僅存不到10%，取而代之的是大量繁殖的藻類，覆蓋率高達50%，是2009年9月時的16.5倍，嚴重擠壓了珊瑚的生長空間，不僅改變原有的生物多樣性，也增加了珊瑚復原的困難度。

面對珊瑚減少、藻類繁生的情況，國研院海洋中心提出現今可加速珊瑚礁復育的技術及建議，如無性生殖株移植技術以及世界各國珊瑚學者正在研發中的「珊瑚電房子」，期早日恢復蘭嶼豐富的珊瑚礁生態系。

同時，國研院海洋中心也運用2009年於蘭嶼椰油村外珊瑚礁區所設置的水下即時影像觀測系統，用以持續觀察、記錄珊瑚礁生態。所取得的影像將透過海底纜線傳送至蘭嶼中學的觀測站，再藉由國研院國網中心的高品質學術研究網路，提供國內學研單位進行分析研究。未來，海洋中心也計畫與國網中心合作，將珊瑚影像與全球珊瑚礁觀測網連結，提供國際研究社群第一手的珊瑚礁生態觀測基礎資料，協助全球生態科學家進行環境變遷與自然擾動頻繁對珊瑚礁生態影響的研究。