科技部所屬財團法人國家實驗研究院下設置台灣海洋科技研究中心之目的，在於推動國內海洋科學之相關研究。海洋研究船為研究探測之必備工具，其航海實務操作與一般船舶並無大異，但並不屬於海洋中心成立之研究目標。故如於海洋中心之編制內設置船務操作編組，除不符合中心成立之目的外，亦無法以具競爭力之待遇吸引船務操作專才。基於專業分工之原則，唯以委外方式辦理船務操作，方能與船務操作市場之專業人力結合交流，並以彈性之待遇延聘適當之專才。又，透過委外所延聘之專才，均需具備相關證照，與「派遣工」層次相差甚多。以「派遣工」形容船務操作專才，實有貶低船務操作專業之嫌。且國外亦不乏以委外方式操作研究船之案例，如鄰近日本，研究船規模更大於海研五號，亦以委外方式辦理。

在管理實務上，操控科學儀器與船務操作係不同之專業，分工明確，且皆由專業人員負責操作，方為最適當之執行方式。負責船務操作之船員的屬性與海洋中心的研究探測技術人員相差極大；船員的管理係根據「船員法」，而海洋中心人員是根據「勞基法」。將船員的調度、差勤、考績……等管理事務，交由委外公司負責，方利於海洋中心的研究及技術人員專注於海洋科學研究及探測作業，有利於提升管理效率。至於外傳海研五號本航次係三個月整組人員輪替之新手，並非事實。委外之船務公司為提高人力運用效率，可視海研五號及其他船舶之船期機動調動人員互相支援，但不允許固定時間整組輪替的情形發生。海研五號本航次之主要船員均具備本船之操作經驗，並非新手。

專業分工細緻化乃係未來社會發展趨勢，成功關鍵在於建立好的專案管理機制，以督促考核委外承商提供優質專業人力與服務。因此國研院招標公開評選海研五號之船務委外廠商時，係採最有利標而非最低標方式決標，足見船務操作委外管理之目的並非為了節省經費。

在前述專業分工的委外管理策略下，科技部國研院經過謹慎評選後所委由裕品公司操作海研五號的合約，均要求所聘用之船長、輪機長有充裕之經驗。以船長黃余發先生為例，從2003年起即擔任建和、祥和、勝和等多艘不同大型噸位船隻之船長，相關經歷超過10年。再以輪機長許祖雄先生為例，曾經擔任長運、軒轅二號、竹明輪等大型船隻輪機長，資歷已近30年。（註：今日上午科技部與環保署共同召開記者會時曾提及本案船長曾擔任過長榮貨運船長，係資訊不慎誤植，特此更正。）以上說明船務人員之資歷，係在於強調透過委外機制所引進之專業能力。至於此次事件是否有船務人為疏失，科技部與國研院均尊重海事專業之調查結果。